Conociendo lo qué es la epilepsia y el porqué suceden las crisis, es difícil explicarse por qué algunos niños la padecen y otros no; y por qué en algunas personas su sistema eléctrico cerebral es propenso a alteraciones. Si bien, muchas veces no se sabe por qué inicia la epilepsia, los científicos han descubierto algunas causas.

Una causa es el traumatismo craneoencefálico, el cual puede ocurrir durante el nacimiento o bien al recibir un golpe severo en la cabeza durante la infancia. Los accidentes automovilísticos frecuentemente provocan lesiones en el cerebro que dan como resultado una epilepsia.

Los tumores o enfermedades del cerebro como encefalitis o meningitis son la causa en algunos casos.

Incluso algunas enfermedades de la niñez como el sarampión pueden crear ciertas condiciones en el cerebro ya que incrementa su sensibilidad y la "irritación" de las células cerebrales produce las crisis.

En muchos casos, quien padece retardo mental o parálisis cerebral también tiene daño cerebral que produce crisis. Frecuentemente se asocia epilepsia con retardo mental o un deterioro progresivo, esto usualmente no sucede y quien padece epilepsia tiene aproximadamente el mismo rango de habilidad mental que la población general.